Die Mittelschule bietet einen vierjährigen Bildungsgang an, den so genannten M-Zug. „M“ steht für Mittlere Reife. Die Schüler werden ab der 7. Jahrgangsstufe in eigenen Klassen mit erhöhtem Anforderungsniveau zum Mittleren Schulabschluss geführt. Die Mittelschule Pfaffenhofen bietet den kompletten M-Zug von der M7 bis zur M10.